La recherche est au cœur de la mission du CRISES. Elle se structure en quatre axes de recherche, tous liés aux innovations sociales et aux transformations dans :

Les recherches des membres font l’objet de publications dans des livres, des revues scientifiques, des ouvrages collectifs, des actes de colloques et des rapports de recherche.  Les étudiantes et étudiants sous la direction des membres effectuent aussi des recherches liées à la problématique du CRISES dans des programmes de deuxième et troisième cycles.

Le Centre publie également les Cahiers du CRISES, lesquels contiennent des rapports de recherche réalisés par ses membres, partenaires ou étudiants. La majorité des Cahiers du CRISES sont disponibles en ligne. Depuis 1990, plus de 400 Cahiers ont été publiés.